学校创办于1938年，前身是国立云南大学农学院，建址昆明市呈贡县，1958年独立建成昆明农林学院，迁址昆明北郊黑龙潭，1962年滇南大学、滇西大学并入昆明农林学院，1969年搬迁至大理州宾川县，1970年迁至原曲靖地区寻甸县，1971年与云南农业劳动大学合并成立云南农业大学，1980年搬回昆明北郊黑龙潭。

1983年成为硕士学位授权单位，1993年列为云南省属重点大学，2003年成为博士学位授权单位，2007年设立博士后科研流动站。2008年教育部本科教学评估为优秀，2009年、2013年、2014年省委省政府依托学校教育管理资源分别创办了云南农村干部学院、云南省食品安全管理学院、云南省高原特色农业产业研究院。2013年，经科技部、教育部审核批准建设云南农业大学新农村发展研究院。

学校现有在职教职工1922人，其中高级职称881人。有中国工程院院士1人，国家百千万人才工程国家级人选5人；国家万人计划“科技创新领军人才”3人；国务院政府特殊津贴9人；农业农村部“神农英才”青年人才3人；霍英东青年基金2人、青年教师奖2人；云南省有突出贡献优秀专业技术人才6人、云南省政府特殊津贴6人；199人入选云南省“兴滇英才支持计划”，其中科技领军人才2人、云岭学者12人、产业创新人才26人、教学名师10人、首席技师1人、文体人才1人、青年人才147人；云南省中青年学术技术带头人及后备人才84人，云南省技术创新人才11人。云南省教育系统先进集体3个、云南省教育系统优秀教师3人、云南省优秀教育工作者2人。全国教育系统先进集体2个，全国专业技术人才先进集体1个。拥有国家级科技创新团队1个，省部级科技创新团队19个、云南省哲学社会科学类创新团队2个；云南省教育厅科技创新团队18个。教育部高等学校教学指导委员会委员11人。

学校现有73个本科专业，其中国家级特色专业6个、国家级一流专业13个、国家工程教育认证专业2个，省级特色专业7个、省级重点建设专业8个、省级品牌专业5个、省级一流专业24个，中外合作办学专业2个。有省级一流学科8个，一级学科博士后科研流动站6个，一级学科博士学位授权点6个，二级学科博士学位授权点24个，一级学科硕士学位授权点14个，二级学科硕士学位授权点76个。有农业、兽医、翻译、体育、风景园林、社会工作、生物医药、资源与环境、土木工程、林业、公共管理、工程管理12种硕士专业学位类别。有在职人员申请硕士学位授予权和外国留学生招生权。现有省部共建云南生物资源保护与利用国家重点实验室、农业生物多样性应用技术国家工程研究中心、西南中药材种质创新与利用国家地方联合工程研究中心、云南高原特色现代化农业省部共建协同创新中心、国家农科专业基础实验教学示范中心、新农村发展研究院和中国——东盟教育培训中心等国家级教学、科研和社会服务平台7个（国家级科研平台5个）；拥有教育部重点实验室、农业农村部观测试验站、云南省重点实验室、工程（技术）研究中心、协同创新中心、智库、研究基地等45个部省级科研平台；院士（专家）工作站24个；国家种质资源库分库、云南省省级种质资源圃（库）等5个；省高校重点实验室、工程中心等31个，云南省生物多样性和生物技术创新人才培养基地、云南省环境科学与工程创新人才培养基地各1个；学校还建有昆明市重点实验室等科研平台7个、校级科研平台38个。

学校始终以立德树人为根本，以强农兴农为己任，先后荣获“全国创新创业50所典型经验高校”“全国毕业生就业50所典型经验高校”“全国就业工作先进单位”等荣誉称号。学校主动对接区域经济社会发展和产业需求、融入国家战略，坚持以人才培养与社会融合的大系统育人理念为导向，以多样化农科创新创业人才培养为主线，以知识、能力、素质为要素，以培养目标为基础，以培养质量标准为核心，以支撑引领云南现代农业发展为己任，培养了一批批服务于地方经济社会发展的优秀人才。办学初期，农业教育家汤惠荪、农学家张海秋、育种学家诸宝楚、植物病理学家段永嘉、烟草学家徐天骝、生物统计学家昝维廉、园艺学家蔡克华等为代表的一批学术先贤开创了边疆农大办学基业，先人风范激励着一代代学子践行“厚德博学、明理尚农”之校训。办学85年来，为社会培养了18万余名具有“科学情操、大地情怀、农民情结”的专业人才。其中，水稻育种家、全国先进工作者归侨邓友成，献身彝区五十年，育成“楚粳”系列水稻品种，推广面积占云南省中海拔地区水稻种植面积50%以上；烟草育种专家、全国烟草行业劳动模范李永平，育成“云烟85”和“云烟87”品种，推广面积占2007年全国烟草种植面积的56.7%；全国五一劳动奖章获得者崔秀明，立足边疆苗岭壮乡，成为开创“三七之乡”支柱产业科技领军人；畜牧专家马崇文扎根基层第一线，成为“感动中国畜牧兽医科技推广功勋人物”；全国五一劳动奖章获得者、全国先进工作者李华春，为云南乃至全国以及东南亚国家的动物疫病防控做出了重要贡献；全国先进工作者胡明成，扎根昭通开展粮食作物科研与推广应用工作，支撑全市百万吨增产计划如期实现；全国脱贫攻坚先进个人晋洪江，为金平县如期脱贫作出贡献；全国“最美基层高校毕业生”获得者张可，他用实际行动诠释了当代青年的责任与担当，是小我融入大我的最直接的体现。多年来，在大健康、生物科技、农业领域涌现出了一批干事创业的优秀企业家，促进了当地经济社会快速发展。云南省农业高级技术人员80%以上、农业技术推广站（所）负责人80%以上、县乡主管农业的领导80%以上是我校毕业生，少数民族毕业生占25%以上，他们既熟悉少数民族文化、又掌握现代农业科技和管理知识，扎根边疆民族地区孜孜以求，勤奋工作，为增进民族团结、边疆稳定，促进边疆民族地区社会经济发展作出了重要贡献。

近年来，学校紧扣教育高质量发展主线，以新农科、新工科、新文科建设和深化学分制改革为契机，持续推进教育教学改革与创新。进一步优化专业结构，逐步构建了以农科为优势，农、工、经、管、理、文、法、教育多学科相互融合、相互支撑、协调发展的学科专业框架；适时修订完善人才培养方案，优化构建多样化的人才培养模式和高质量课程体系，5门课程入选全国生态文明信息化教学成果，6门课程获批省级课程思政示范项目，获准立项3项省级课程思政教改项目，建成国家级和省级一流课程43门（国家级一流课程12门，省级一流课程31门）、精品课程35门，建设省级研究生优质课程29门；近10年获国家级教学项目84项、省级教学项目124项，主编、副主编省部级以上规划教材220部；建设了课程开发系统、自主学习中心、实验教学中心、教学科研基地、教学管理五大教学平台，产学研协同共建校外实践教学基地326个；获国家级教学成果奖2项、省级教学成果奖58项；先后获“全国深化创新创业教育改革示范高校”“全国教育系统先进集体”等荣誉称号，学校连续14年在云南省高校毕业生就业创业工作目标责任制考核中名列前茅。

学校紧紧围绕现代农业发展，以国家和区域经济社会发展需求为导向开展科学研究。学校先后承担联合国全球环境基金、欧盟项目、国家973计划、863计划、国家重点研发计划、科技支撑计划、国家基金重点项目等各级各类项目3715项，科研经费达16.5亿元；获国家科技进步二等奖、国家技术发明二等奖、联合国粮农组织（FAO）科学研究一等奖、国际农业研究（CGIAR）杰出科学奖、何梁何利科学技术进步奖、云南省科学技术杰出贡献奖、云南省科技进步特等奖等国际、国家及省部级奖励461（第一单位347）项。其中，朱有勇院士团队创建了农业生物多样性控制病虫害理论与技术，研究成果在《Nature》作为封面文章发表，在国内大面积推广应用累计达3.02亿亩，突破作物品种单一化种植重大难题，成为世界上利用生物多样性控制病虫害的成功典范，获国家科技进步二等奖、国家技术发明二等奖等奖励；李铮友教授等率先育成中国第一个水稻雄性不育系，并首先实现我国杂交粳稻“三系”配套，获全国科学大会奖，创造了杂交粳稻单产1108.55千克的世界纪录，率领团队育成品种40多个，累计推广3000多万亩；盛军教授团队围绕茶叶等特色生物资源，通过建立茶树基因组数据库，系统阐释了茶树起源、演化以及茶树基因迁徙规律，阐明普洱茶降血脂、降血糖、减缓糖尿病并发症机理，开发普洱茶系列深加工产品，发掘辣木、铁皮石斛、玛咖等新资源，实现了创新引领产业升级发展；魏红江教授团队构建基因编辑和体细胞克隆技术，与美国合作获得了世界第一批内源性逆转录病毒失活克隆猪，并在《Science》上以封面文章发表，同时获得了人类系统性红斑狼疮、杜氏肌营养不良症、侏儒症等多种小型猪疾病模型。董扬教授团队的葡萄资源研究在国际顶级期刊Science发表封面文章，揭示了葡萄的起源、迁徙、品种分化等多个重要结论，为葡萄基因组辅助育种、品种溯源提供了重要参考数据集。这一成果标志着我国葡萄生物资源研究达到世界领先地位。

学校秉持社会服务甘于立地的理念，围绕全面推进乡村振兴战略实施总目标，积极开展定点帮扶、兴边富民、百亿斤粮食增产计划、农业科技进藏区、校地校企校校合作、科技特派团（员）、“三区”科技人才专项计划等农科教社会服务，取得明显成效。与昆明、普洱、楚雄、文山、德宏、迪庆、大理等10余个州（市）及700多家企业签订合作协议，建立了全方位、深层次、宽领域的合作关系；深入开展校地校企合作，大力扶持当地发展优质、高产、高效现代农业；积极开展校校合作，在人才培养、科学研究、学科专业建设等方面提供智力支持；坚持“一流党建引领、农业科技支撑、助力乡村振兴”的思路，持续开展驻村帮扶、产业帮扶、科技帮扶、教育帮扶、党建帮扶，助力帮扶县巩固拓展脱贫攻坚成果，推进乡村振兴。发挥新农村发展研究院（国家级）、云南省高原特色农业产业研究院、继续教育学院（云南农村干部培训基地）、云南省食品安全管理学院和中国——东盟教育培训中心、优质省级职教师资培养培训基地、云南省现代农业技术培训基地、乡村振兴人才培养优质校的优势和作用，积极探索建立农科教相结合、校政企一体化的科技服务新模式，找准发力点，加强“三农”人才培养，为高原特色现代农业产业发展提供人才支撑和智力保障。以朱有勇院士为代表的“云农人”胸怀“三农”，把自己多年的科研成果写在了“云岭”大地，引领了地方产业发展。学校连续八年被省委、省政府表彰为“年度社会扶贫先进集体”，连续两年在全省巩固脱贫攻坚推进乡村振兴定点帮扶工作考核中被评为“好”等次。2018年，《厚植科技资源 助力产业扶贫》入选教育部“省属高校精准扶贫精准脱贫20个典型项目”。2019年朱有勇院士被中宣部授予“时代楷模”荣誉称号、学校“三区”科技服务工作受到科技部通报表扬。2021年朱有勇院士和社会服务中心分别被党中央、国务院授予“全国脱贫攻坚先进个人”“全国脱贫攻坚先进集体”荣誉称号。

学校坚持开放办学，坚持“请进来”和“走出去”齐头并进，坚持“辐射周边，面向世界”，坚持“服务教学、服务师生、服务科研、服务社会”的国际化办学理念。先后与英国、美国、日本、德国、韩国、法国、比利时、荷兰、加拿大、澳大利亚、新西兰、泰国、越南、老挝、缅甸、斯洛文尼亚等23个国家100多所海外院校建立了交流合作关系。2015年，与胡弗汉顿大学开展“土木工程”（“4+0”）专业中外合作办学项目，获教育部批准，同年9月开始招生；2016年，与新西兰林肯大学开展“农林经济管理”（“3+1”）专业中外合作办学项目，获教育部批准，同年9月开始招生。1987年开始，与英国胡弗汉顿大学、日本鹿儿岛大学等开展本、硕、博联合办学；长期与越南、泰国各大学开展“2+1+1”联合培养具备越南语、泰语基本交际能力的汉语国际教育专业本科生。1997年教育部批准，获招收来华留学生资格，2014年成为中国政府奖学金接收外国留学生院校。2008年，获批认定为“农业科技国际人才培养基地”，2018年，获科技厅批准认定为“面向南亚东南亚农业科技人才交流与教育培训基地”，2012年获教育部和外交部批准，成立“中国-东盟教育培训中心”。1982年开始聘请外籍教师和外国专家。2022年获云南省科协批准成立“云南省科协海智工作基地”；2023年获中国科协批准成立“中国科协海智工作基地”。1986年开始派出教师出国（境）进修、学习和交流。与云天化等知名企业合作开展“校企协同国际育人”等项目，推动社会服务的国际化。先后主持GEF、EU、ADB、IRRI等资助的20余项国际科技合作项目。Michael Augustine Fullen等3名外籍专家获云南省外国专家“彩云奖”，学校被授予“全国聘请外国文教专家工作先进单位”和“云南省教育外事工作先进单位”等荣誉称号或奖项。

学校大力弘扬社会主义核心价值观，积极构建“三全育人”体系，抓实精神文明和校园文化建设，不断激发全校师生向上向善的正能量，涌现出“时代楷模”、全国优秀共产党员、全国师德先进个人、全国十大“三农”人物、全国民族团结先进个人、云南省兴滇人才、云南省十大杰出青年、省部级劳模等100余人。涌现出中共十六大、十七大、十八大、二十大代表1人，全国人大常委会委员1人。培养出全国道德模范、见义勇为英雄大学生杨继斌；全国大学生百名自强之星刘艳华、李顺成、焦萱、简安琪、王沙莎、郭佳丽、杨建陈、龙佳；“全国大学生年度人物”入围奖龙佳；全国百名优秀大学生胡颖；全国优秀共青团员简安琪；全国百强学生社团、云南省青年文明号“社工之家”；东京奥运会女子自由式摔跤62公斤级8强、全国冠军龙佳；全国残疾人运动会马拉松比赛冠军韩桂明；首届全国城市电视台业余主持人大赛最佳主持人刘亚萍；全国新丝路杯模特大赛云南赛区冠军徐靖；全国农村青年致富带头人濮玉涛；云南省“五四”青年奖章获得者喜超；“云南省大学生年度人物”高彦玉、简安琪、李朝、龙佳；大学生村官张学凤等优秀师生。大学生暑期“三下乡”社会实践活动先后20次受到团中央表彰，校男子篮球代表队连续多年获云南省高校篮球比赛冠军，校女子足球队获云南省足球联赛冠军并入围全国女足乙级联赛。学校获全国高校校园文化建设优秀成果奖，被评为全国精神文明建设工作先进单位、云南省德育先进单位、云南省文明校园、云南省文明单位称号。