1950年毛泽东主席、周恩来总理在苏联访问期间，同意了时任新疆省人民政府副主席赛福鼎·艾则孜同志的建议，决定在新疆乌鲁木齐兴建一所医学高等学府，并纳入苏联援助新中国建设“一五计划”156个重点项目。

1954年新疆医科大学的前身——新疆医学院在鲤鱼山下开工建设。在党中央的号召下，一大批来自北京、上海、山东、辽宁等地的优秀教师、医务工作者汇聚新医，奠定了学校事业发展的坚实根基。

1956年新疆医学院正式建成并首次招生，233名临床医学本科生在新医路校区苏园举行了开学典礼，标志着新疆人民从此有了自己培养医学人才的“摇篮”。

1961年经自治区人民政府批准，乌鲁木齐卫生学校、自治区卫生干部学校两所学校的部分班级合并，成立自治区中医学校。1985年，改建为新疆中医学院。

1998年经教育部批准，新疆医学院与新疆中医学院合并成立新疆医科大学，学校发展迈上了新台阶。

2016年学校正式获批成为省部委共建高校，开启了新疆医学高等教育和卫生健康事业发展的新篇章。

近年来

在以习近平同志为核心的党中央坚强领导下，在自治区党委、人民政府的关心支持下，学校办学办医水平和综合实力稳步提升。2023年4月，学校新一届党委成立，确定了建设“西部一流并辐射中亚的医科大学”的奋斗目标，学校步入了高质量发展的新阶段。

学校现有教职工18016人（其中大学1485人，附属单位16531人）,全日制在校生27984人（本专科生21682人，硕士研究生5117人，博士研究生678人，各层次学历教育留学生507人）。拥有全国高校黄大年式教师团队2个，国家级教学名师1人，全国模范教师1人，全国中医药高等学校教学名师1人，国医大师1人，全国名中医4人，“长江学者讲座教授”1人；6人入选“国家级百千万人才工程”，63位专家享受国务院政府特殊津贴；自治区级教学名师17人、教学能手12人。2人获评“全国优秀共产党员”，4人获得“全国劳动模范”荣誉称号，10人获评“全国五一劳动奖章”。学校先后获得自治区党建工作示范校、全国民族团结进步示范学校、自治区依法治校示范校、自治区语言文字工作示范校等荣誉称号。

学校下设26个院部，开设29个本科专业、11个专科专业，有6个国家级特色专业、6个自治区级重点专业，9个国家级一流本科专业建设点、7个自治区级一流本科专业建设点，10个国家级一流本科课程、18个自治区级一流本科课程，1个国家级人才培养模式创新实验区。现有医学、理学、工学、管理学、法学5个学科门类，形成了以医学为主，其它学科相辅相成的学科结构与布局。临床医学学科进入ESI全球排名前2.33‰，药理学与毒理学位列ESI全球排名前8.32‰，生物学与生物化学潜力值提升至91.43%。4个学科入选自治区“十四五”重点学科建设序列，其中临床医学入选优势学科（自治区一流学科），药学、中医学、公共卫生与预防医学入选特色学科。有5个一级学科博士学位授权点、2个专业博士学位授权点，13个一级学科硕士学位授权点、8个硕士专业学位授权点，4个博士后科研流动站、4个博士后科研工作站。

学校现有省部级及以上科研平台60个，其中国家中医临床研究基地1个，科技部省部共建国家重点实验室1个，科技部国家国际科技合作基地1个，国家临床医学研究中心分中心9个，教育部省部共建实验室1个，教育部高等学校学科创新引智计划1个，教育部国际合作联合实验室1个，教育部省部共建协同创新中心1个，教育部工程研究中心1个；自治区重点实验室18个，自治区临床医学研究中心13个，自治区工程技术研究中心2个，“十四五”自治区普通高等学校人文社会科学重点研究基地1个，自治区铸牢中华民族共同体意识研究与实践基地1个，自治区引才引智示范基地1个，自治区科普教育基地7个。

学校所辖8所直属附属医院,坚持以人民为中心的发展思想，以满足疑难危重疾病救治和新疆、周边国家特高发疾病临床需求为导向，围绕丝绸之路经济带核心区医疗服务中心建设，充分发挥全疆医疗系统主力军优势，主动服务国家战略和区域社会经济发展，各附属医院形成了优势集中、特色鲜明、错位发展、整体联动，具有较高社会知名度和影响力的医疗资源集群，为“健康中国”、“健康新疆”建设作出了积极贡献。

学校不断加强与国内外知名高校的交流合作，与中南大学、吉林大学、北京中医药大学、中国药科大学、温州医科大学建立了全面对口支援协作关系，与复旦大学、中山大学、南京医科大学等20余所大学建立了深层次共建合作关系。与俄罗斯、日本、英国、塔吉克斯坦、格鲁吉亚、哈萨克斯坦等多个国家的大学及研究机构建立了校际合作关系。是自治区首批来疆留学高校示范基地、首批接受政府奖学金的高校，被教育部授予来华留学生教育先进集体，培养了来自印度、巴基斯坦、哈萨克斯坦等39个国家的百余名研究生、上千余名本科生。